Funktionen af beskyttelsesgrupper er at isolere specifikke funktionelle grupper under synteseprocessen, beskytte dem mod interferens og kun fjerne beskyttelsesgrupperne efter at have afsluttet specifikke reaktioner for at genoprette aktiviteten af målmolekylet. Processen med at fjerne beskyttelsesgrupper kræver normalt milde forhold for at undgå at beskadige målmolekylet. For eksempel er metoden til at fjerne ROH fra beskyttede alkoholer sædvanligvis at fremstille ethere (ROR ') eller estere (ROCOR') og derefter hydrolysere eller syrne dem under passende betingelser.
Sammenfattende er beskyttelsesgruppernes rolle i PNA-syntese afgørende, da det sikrer effektiv syntese af komplekse molekyler, undgår ikke-målreaktioner og kan selektivt fjernes, når det er nødvendigt for at opnå oprensede PNA-produkter.